AMOS::ContigEdge_t Member List

This is the complete list of members for AMOS::ContigEdge_t, including all inherited members.

ADJACENCY_BIT	AMOS::Link_t	[protected, static]
ADJACENCY_BITS	AMOS::Link_t	[protected, static]
ALIGNMENT	AMOS::Link_t	[static]
ANTINORMAL	AMOS::Link_t	[static]
ANTINORMAL_BITS	AMOS::Link_t	[protected, static]
clear()	AMOS::ContigEdge_t	[inline, virtual]
ContigEdge_t()	AMOS::ContigEdge_t	[inline]
ContigEdge_t(const ContigEdge_t &source)	AMOS::ContigEdge_t	[inline]
ContigLink_t()	AMOS::ContigLink_t	[inline]
ContigLink_t(const ContigLink_t &source)	AMOS::ContigLink_t	[inline]
eid_m	AMOS::IBankable_t	[protected]
flags_m	AMOS::IBankable_t	[protected]
flip()	AMOS::Link_t
getAdjacency() const	AMOS::Link_t
getComment() const	AMOS::Universal_t	[inline]
getContigLinks() const	AMOS::ContigEdge_t	[inline]
getContigLinks()	AMOS::ContigEdge_t	[inline]
getContigs() const	AMOS::ContigLink_t	[inline]
getEID() const	AMOS::IBankable_t	[inline]
getIID() const	AMOS::IBankable_t	[inline]
getLinks() const	AMOS::IEdge_t	[inline]
getLinks()	AMOS::IEdge_t	[inline]
getNCode() const	AMOS::ContigEdge_t	[inline, virtual]
getNodes() const	AMOS::Link_t	[inline]
getNodeType() const	AMOS::ContigLink_t	[inline]
getSD() const	AMOS::Link_t	[inline]
getSize() const	AMOS::Link_t	[inline]
getSource() const	AMOS::Link_t	[inline]
getStatus() const	AMOS::Universal_t	[inline]
getType() const	AMOS::Link_t	[inline]
IBankable_t()	AMOS::IBankable_t	[inline]
IBankable_t(const IBankable_t &source)	AMOS::IBankable_t	[inline]
IEdge_t()	AMOS::IEdge_t	[inline]
IEdge_t(const IEdge_t &source)	AMOS::IEdge_t	[inline]
iid_m	AMOS::IBankable_t	[protected]
IMessagable_t()	AMOS::IMessagable_t	[inline]
INNIE	AMOS::Link_t	[static]
INNIE_BITS	AMOS::Link_t	[protected, static]
isFlagA() const	AMOS::IBankable_t	[inline]
isFlagB() const	AMOS::IBankable_t	[inline]
isModified() const	AMOS::IBankable_t	[inline]
isRemoved() const	AMOS::IBankable_t	[inline]
Link_t()	AMOS::Link_t	[inline]
Link_t(const Link_t &source)	AMOS::Link_t	[inline]
MATEPAIR	AMOS::Link_t	[static]
NCODE	AMOS::ContigEdge_t	[static]
NORMAL	AMOS::Link_t	[static]
NORMAL_BITS	AMOS::Link_t	[protected, static]
NULL_ADJACENCY	AMOS::Link_t	[static]
NULL_LINK	AMOS::Link_t	[static]
OTHER	AMOS::Link_t	[static]
OUTIE	AMOS::Link_t	[static]
OUTIE_BITS	AMOS::Link_t	[protected, static]
OVERLAP	AMOS::Link_t	[static]
PHYSICAL	AMOS::Link_t	[static]
readMessage(const Message_t &msg)	AMOS::ContigEdge_t	[virtual]
readRecord(std::istream &fix, std::istream &var)	AMOS::ContigEdge_t	[protected, virtual]
readRecordFix(std::istream &fix)	AMOS::ContigEdge_t	[protected, virtual]
setAdjacency(LinkAdjacency_t adj)	AMOS::Link_t
setComment(const std::string &comment)	AMOS::Universal_t	[inline]
setContigLinks(const std::vector< ID_t > &links)	AMOS::ContigEdge_t	[inline]
setContigs(std::pair< ID_t, ID_t > contigs)	AMOS::ContigLink_t	[inline]
setEID(const std::string &eid)	AMOS::IBankable_t	[inline]
setFlagA(bool flag)	AMOS::IBankable_t	[inline]
setFlagB(bool flag)	AMOS::IBankable_t	[inline]
setIID(ID_t iid)	AMOS::IBankable_t	[inline]
setLinks(const std::vector< ID_t > &links)	AMOS::IEdge_t	[inline]
setNodes(std::pair< ID_t, ID_t > nods)	AMOS::Link_t	[inline]
setSD(SD_t sd)	AMOS::Link_t	[inline]
setSize(Size_t size)	AMOS::Link_t	[inline]
setSource(std::pair< ID_t, NCode_t > source)	AMOS::Link_t	[inline]
setStatus(Status_t status)	AMOS::Universal_t	[inline]
setType(LinkType_t type)	AMOS::Link_t
SYNTENY	AMOS::Link_t	[static]
Universal_t()	AMOS::Universal_t	[inline]
Universal_t(const Universal_t &source)	AMOS::Universal_t	[inline]
writeMessage(Message_t &msg) const	AMOS::ContigEdge_t	[virtual]
writeRecord(std::ostream &fix, std::ostream &var) const	AMOS::ContigEdge_t	[protected, virtual]
~ContigEdge_t()	AMOS::ContigEdge_t	[inline]
~ContigLink_t()	AMOS::ContigLink_t	[inline]
~IBankable_t()	AMOS::IBankable_t	[inline, virtual]
~IEdge_t()	AMOS::IEdge_t	[inline, virtual]
~IMessagable_t()	AMOS::IMessagable_t	[inline, virtual]
~Link_t()	AMOS::Link_t	[inline]
~Universal_t()	AMOS::Universal_t	[inline, virtual]

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