| ADJACENCY_BIT | AMOS::Link_t | [protected, static] |
| ADJACENCY_BITS | AMOS::Link_t | [protected, static] |
| ALIGNMENT | AMOS::Link_t | [static] |
| ANTINORMAL | AMOS::Link_t | [static] |
| ANTINORMAL_BITS | AMOS::Link_t | [protected, static] |
| clear() | AMOS::ScaffoldEdge_t | [inline, virtual] |
| eid_m | AMOS::IBankable_t | [protected] |
| flags_m | AMOS::IBankable_t | [protected] |
| flip() | AMOS::Link_t | |
| getAdjacency() const | AMOS::Link_t | |
| getComment() const | AMOS::Universal_t | [inline] |
| getEID() const | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| getIID() const | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| getLinks() const | AMOS::IEdge_t | [inline] |
| getLinks() | AMOS::IEdge_t | [inline] |
| getNCode() const | AMOS::ScaffoldEdge_t | [inline, virtual] |
| getNodes() const | AMOS::Link_t | [inline] |
| getNodeType() const | AMOS::ScaffoldLink_t | [inline] |
| getScaffoldLinks() const | AMOS::ScaffoldEdge_t | [inline] |
| getScaffoldLinks() | AMOS::ScaffoldEdge_t | [inline] |
| getScaffolds() const | AMOS::ScaffoldLink_t | [inline] |
| getSD() const | AMOS::Link_t | [inline] |
| getSize() const | AMOS::Link_t | [inline] |
| getSource() const | AMOS::Link_t | [inline] |
| getStatus() const | AMOS::Universal_t | [inline] |
| getType() const | AMOS::Link_t | [inline] |
| IBankable_t() | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| IBankable_t(const IBankable_t &source) | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| IEdge_t() | AMOS::IEdge_t | [inline] |
| IEdge_t(const IEdge_t &source) | AMOS::IEdge_t | [inline] |
| iid_m | AMOS::IBankable_t | [protected] |
| IMessagable_t() | AMOS::IMessagable_t | [inline] |
| INNIE | AMOS::Link_t | [static] |
| INNIE_BITS | AMOS::Link_t | [protected, static] |
| isFlagA() const | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| isFlagB() const | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| isModified() const | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| isRemoved() const | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| Link_t() | AMOS::Link_t | [inline] |
| Link_t(const Link_t &source) | AMOS::Link_t | [inline] |
| MATEPAIR | AMOS::Link_t | [static] |
| NCODE | AMOS::ScaffoldEdge_t | [static] |
| NORMAL | AMOS::Link_t | [static] |
| NORMAL_BITS | AMOS::Link_t | [protected, static] |
| NULL_ADJACENCY | AMOS::Link_t | [static] |
| NULL_LINK | AMOS::Link_t | [static] |
| OTHER | AMOS::Link_t | [static] |
| OUTIE | AMOS::Link_t | [static] |
| OUTIE_BITS | AMOS::Link_t | [protected, static] |
| OVERLAP | AMOS::Link_t | [static] |
| PHYSICAL | AMOS::Link_t | [static] |
| readMessage(const Message_t &msg) | AMOS::ScaffoldEdge_t | [virtual] |
| readRecord(std::istream &fix, std::istream &var) | AMOS::ScaffoldEdge_t | [protected, virtual] |
| ScaffoldEdge_t() | AMOS::ScaffoldEdge_t | [inline] |
| ScaffoldEdge_t(const ScaffoldEdge_t &source) | AMOS::ScaffoldEdge_t | [inline] |
| ScaffoldLink_t() | AMOS::ScaffoldLink_t | [inline] |
| ScaffoldLink_t(const ScaffoldLink_t &source) | AMOS::ScaffoldLink_t | [inline] |
| setAdjacency(LinkAdjacency_t adj) | AMOS::Link_t | |
| setComment(const std::string &comment) | AMOS::Universal_t | [inline] |
| setEID(const std::string &eid) | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| setFlagA(bool flag) | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| setFlagB(bool flag) | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| setIID(ID_t iid) | AMOS::IBankable_t | [inline] |
| setLinks(const std::vector< ID_t > &links) | AMOS::IEdge_t | [inline] |
| setNodes(std::pair< ID_t, ID_t > nods) | AMOS::Link_t | [inline] |
| setScaffoldLinks(const std::vector< ID_t > &links) | AMOS::ScaffoldEdge_t | [inline] |
| setScaffolds(std::pair< ID_t, ID_t > scaffolds) | AMOS::ScaffoldLink_t | [inline] |
| setSD(SD_t sd) | AMOS::Link_t | [inline] |
| setSize(Size_t size) | AMOS::Link_t | [inline] |
| setSource(std::pair< ID_t, NCode_t > source) | AMOS::Link_t | [inline] |
| setStatus(Status_t status) | AMOS::Universal_t | [inline] |
| setType(LinkType_t type) | AMOS::Link_t | |
| SYNTENY | AMOS::Link_t | [static] |
| Universal_t() | AMOS::Universal_t | [inline] |
| Universal_t(const Universal_t &source) | AMOS::Universal_t | [inline] |
| writeMessage(Message_t &msg) const | AMOS::ScaffoldEdge_t | [virtual] |
| writeRecord(std::ostream &fix, std::ostream &var) const | AMOS::ScaffoldEdge_t | [protected, virtual] |
| ~IBankable_t() | AMOS::IBankable_t | [inline, virtual] |
| ~IEdge_t() | AMOS::IEdge_t | [inline, virtual] |
| ~IMessagable_t() | AMOS::IMessagable_t | [inline, virtual] |
| ~Link_t() | AMOS::Link_t | [inline] |
| ~ScaffoldEdge_t() | AMOS::ScaffoldEdge_t | [inline] |
| ~ScaffoldLink_t() | AMOS::ScaffoldLink_t | [inline] |
| ~Universal_t() | AMOS::Universal_t | [inline, virtual] |
