- clean()
: AMOS::Bank_t
- clear()
: AMOS::Universal_t, AMOS::Sequence_t, AMOS::ScaffoldLink_t, AMOS::ScaffoldEdge_t, AMOS::Scaffold_t, AMOS::Read_t, AMOS::Overlap_t, AMOS::Message_t, AMOS::Link_t, AMOS::Library_t, AMOS::Layout_t, AMOS::Kmer_t, AMOS::BankFlags_t, AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::Group_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t, AMOS::Edge_t, AMOS::IEdge_t, AMOS::Tile_t, AMOS::Range_t, AMOS::Distribution_t, AMOS::ContigLink_t, AMOS::ContigEdge_t, AMOS::Contig_t, AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t, AMOS::IBankable_t
- clearAll()
: AMOS::BankStreamSet_t, AMOS::BankSet_t, AMOS::UniversalSet_t
- close()
: AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- closeAll()
: AMOS::BankStreamSet_t, AMOS::BankSet_t
- compress()
: AMOS::Sequence_t, AMOS::Kmer_t
- concat()
: AMOS::IDMap_t, AMOS::Bank_t
- const_iterator()
: AMOS::BankStreamSet_t::const_iterator, AMOS::BankSet_t::const_iterator, AMOS::UniversalSet_t::const_iterator, AMOS::IDMap_t::const_iterator, AMOS::Message_t, AMOS::Index_t
- Contig_t()
: AMOS::Contig_t
- ContigEdge_t()
: AMOS::ContigEdge_t
- ContigLink_t()
: AMOS::ContigLink_t
- count()
: AMOS::Index_t
- countFields()
: AMOS::Message_t
- countSubMessages()
: AMOS::Message_t
- create()
: AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- Edge_t()
: AMOS::Edge_t
- empty()
: AMOS::Message_t, AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- end()
: AMOS::BankStreamSet_t, AMOS::BankSet_t, AMOS::UniversalSet_t, AMOS::Message_t, AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::Range_t
- eof()
: AMOS::BankStream_t
- Exception_t()
: AMOS::Exception_t
- exists()
: AMOS::BankStreamSet_t, AMOS::BankSet_t, AMOS::UniversalSet_t, AMOS::Message_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- existsEID()
: AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- existsIID()
: AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- gap2ungap()
: AMOS::Contig_t
- getAdjacency()
: AMOS::Overlap_t, AMOS::Link_t
- getAhang()
: AMOS::Overlap_t
- getBase()
: AMOS::Sequence_t, AMOS::Kmer_t
- getBasePositions()
: AMOS::Read_t
- getBegin()
: AMOS::Range_t
- getBhang()
: AMOS::Overlap_t
- getBuckets()
: AMOS::IDMap_t
- getClearRange()
: AMOS::Read_t
- getComment()
: AMOS::Universal_t
- getContigEdges()
: AMOS::Scaffold_t
- getContigLinks()
: AMOS::ContigEdge_t
- getContigs()
: AMOS::ContigLink_t
- getContigTiling()
: AMOS::Scaffold_t
- getCount()
: AMOS::Kmer_t
- getDistribution()
: AMOS::Library_t
- getEID()
: AMOS::IBankable_t
- getEnd()
: AMOS::Range_t
- getField()
: AMOS::Message_t
- getFragment()
: AMOS::Read_t
- getFragmentPosition()
: AMOS::Read_t
- getGappedLength()
: AMOS::Tile_t
- getHi()
: AMOS::Range_t
- getIDMap()
: AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- getIDMapSize()
: AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- getIID()
: AMOS::IBankable_t
- getIndexSize()
: AMOS::Bank_t
- getLastPartition()
: AMOS::Bank_t
- getLength()
: AMOS::Sequence_t, AMOS::Kmer_t, AMOS::Range_t
- getLibrary()
: AMOS::Fragment_t
- getLinks()
: AMOS::IEdge_t
- getLo()
: AMOS::Range_t
- getMatePair()
: AMOS::Fragment_t
- getMaxIID()
: AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- getMembers()
: AMOS::Group_t
- getMemberType()
: AMOS::Group_t
- getMessageCode()
: AMOS::Message_t
- getNCode()
: AMOS::Universal_t, AMOS::Sequence_t, AMOS::ScaffoldLink_t, AMOS::ScaffoldEdge_t, AMOS::Scaffold_t, AMOS::Read_t, AMOS::Overlap_t, AMOS::IMessagable_t, AMOS::Link_t, AMOS::Library_t, AMOS::Layout_t, AMOS::Kmer_t, AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::Group_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t, AMOS::Edge_t, AMOS::IEdge_t, AMOS::Tile_t, AMOS::Distribution_t, AMOS::ContigLink_t, AMOS::ContigEdge_t, AMOS::Contig_t, AMOS::IBankable_t
- getNodes()
: AMOS::Link_t
- getNodeType()
: AMOS::ScaffoldLink_t, AMOS::Link_t, AMOS::ContigLink_t
- getPartition()
: AMOS::Bank_t
- getQualityClearRange()
: AMOS::Read_t
- getQualString()
: AMOS::Sequence_t
- getRange()
: AMOS::Feature_t
- getReads()
: AMOS::Overlap_t, AMOS::Kmer_t
- getReadTiling()
: AMOS::Contig_t
- getScaffoldLinks()
: AMOS::ScaffoldEdge_t
- getScaffolds()
: AMOS::ScaffoldLink_t
- getScore()
: AMOS::Overlap_t
- getSD()
: AMOS::Link_t
- getSeqString()
: AMOS::Sequence_t, AMOS::Kmer_t
- getSize()
: AMOS::BankStreamSet_t, AMOS::BankSet_t, AMOS::UniversalSet_t, AMOS::Link_t, AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- getSource()
: AMOS::Link_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t
- getSpan()
: AMOS::Scaffold_t, AMOS::Layout_t, AMOS::Contig_t
- getStatus()
: AMOS::Universal_t, AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- getSubMessages()
: AMOS::Message_t
- getTiling()
: AMOS::Layout_t
- getType()
: AMOS::Read_t, AMOS::Link_t, AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t, AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- getUngappedLength()
: AMOS::Contig_t
- getUngappedQualString()
: AMOS::Contig_t
- getUngappedSeqString()
: AMOS::Contig_t
- getVectorClearRange()
: AMOS::Read_t
- Group_t()
: AMOS::Group_t
- open()
: AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- openPartition()
: AMOS::Bank_t
- operator *()
: AMOS::BankStreamSet_t::const_iterator, AMOS::BankStreamSet_t::iterator, AMOS::BankSet_t::const_iterator, AMOS::BankSet_t::iterator, AMOS::UniversalSet_t::const_iterator, AMOS::UniversalSet_t::iterator, AMOS::IDMap_t::const_iterator
- operator bool()
: AMOS::BankStream_t
- operator const HashTriple_t *()
: AMOS::IDMap_t::const_iterator
- operator!()
: AMOS::BankStream_t
- operator!=()
: AMOS::BankStreamSet_t::const_iterator, AMOS::BankStreamSet_t::iterator, AMOS::BankSet_t::const_iterator, AMOS::BankSet_t::iterator, AMOS::UniversalSet_t::const_iterator, AMOS::UniversalSet_t::iterator
- operator++()
: AMOS::BankStreamSet_t::const_iterator, AMOS::BankStreamSet_t::iterator, AMOS::BankSet_t::const_iterator, AMOS::BankSet_t::iterator, AMOS::UniversalSet_t::const_iterator, AMOS::UniversalSet_t::iterator, AMOS::Kmer_t, AMOS::IDMap_t::const_iterator
- operator->()
: AMOS::BankStreamSet_t::const_iterator, AMOS::BankStreamSet_t::iterator, AMOS::BankSet_t::const_iterator, AMOS::BankSet_t::iterator, AMOS::UniversalSet_t::const_iterator, AMOS::UniversalSet_t::iterator, AMOS::IDMap_t::const_iterator
- operator<<()
: AMOS::BankStream_t
- operator=()
: AMOS::Sequence_t, AMOS::Kmer_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::IDMap_t::HashTriple_t, AMOS::Bank_t
- operator==()
: AMOS::BankStreamSet_t::const_iterator, AMOS::BankStreamSet_t::iterator, AMOS::BankSet_t::const_iterator, AMOS::BankSet_t::iterator, AMOS::UniversalSet_t::const_iterator, AMOS::UniversalSet_t::iterator
- operator>>()
: AMOS::BankStream_t
- operator[]()
: AMOS::BankStreamSet_t, AMOS::BankSet_t, AMOS::UniversalSet_t, AMOS::Message_t
- Overlap_t()
: AMOS::Overlap_t
- Range_t()
: AMOS::Range_t
- read()
: AMOS::Message_t, AMOS::IDMap_t
- Read_t()
: AMOS::Read_t
- readMessage()
: AMOS::Universal_t, AMOS::Sequence_t, AMOS::ScaffoldLink_t, AMOS::ScaffoldEdge_t, AMOS::Scaffold_t, AMOS::Read_t, AMOS::Overlap_t, AMOS::IMessagable_t, AMOS::Link_t, AMOS::Library_t, AMOS::Layout_t, AMOS::Kmer_t, AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::Group_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t, AMOS::Edge_t, AMOS::IEdge_t, AMOS::Tile_t, AMOS::Distribution_t, AMOS::ContigLink_t, AMOS::ContigEdge_t, AMOS::Contig_t
- readRecord()
: AMOS::Universal_t, AMOS::Sequence_t, AMOS::ScaffoldLink_t, AMOS::ScaffoldEdge_t, AMOS::Scaffold_t, AMOS::Read_t, AMOS::Overlap_t, AMOS::Link_t, AMOS::Library_t, AMOS::Layout_t, AMOS::Kmer_t, AMOS::Index_t, AMOS::Group_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t, AMOS::Edge_t, AMOS::IEdge_t, AMOS::Tile_t, AMOS::Distribution_t, AMOS::ContigLink_t, AMOS::ContigEdge_t, AMOS::Contig_t, AMOS::IBankable_t
- readUMD()
: AMOS::Contig_t
- remove()
: AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::Bank_t
- removeBID()
: AMOS::Bank_t
- removeField()
: AMOS::Message_t
- replace()
: AMOS::Bank_t
- replaceBID()
: AMOS::Bank_t
- resize()
: AMOS::IDMap_t
- Scaffold_t()
: AMOS::Scaffold_t
- ScaffoldEdge_t()
: AMOS::ScaffoldEdge_t
- ScaffoldLink_t()
: AMOS::ScaffoldLink_t
- seekg()
: AMOS::BankStream_t
- Sequence_t()
: AMOS::Sequence_t
- setAdjacency()
: AMOS::Overlap_t, AMOS::Link_t
- setAhang()
: AMOS::Overlap_t
- setBase()
: AMOS::Sequence_t, AMOS::Kmer_t
- setBasePositions()
: AMOS::Read_t
- setBegin()
: AMOS::Range_t
- setBhang()
: AMOS::Overlap_t
- setClearRange()
: AMOS::Read_t
- setComment()
: AMOS::Universal_t
- setContigEdges()
: AMOS::Scaffold_t
- setContigLinks()
: AMOS::ContigEdge_t
- setContigs()
: AMOS::ContigLink_t
- setContigTiling()
: AMOS::Scaffold_t
- setCount()
: AMOS::Kmer_t
- setDistribution()
: AMOS::Library_t
- setEID()
: AMOS::IBankable_t
- setEnd()
: AMOS::Range_t
- setField()
: AMOS::Message_t
- setFlagA()
: AMOS::IBankable_t
- setFlagB()
: AMOS::IBankable_t
- setFlagC()
: AMOS::Overlap_t
- setFragment()
: AMOS::Read_t
- setFragmentPosition()
: AMOS::Read_t
- setIID()
: AMOS::IBankable_t
- setLibrary()
: AMOS::Fragment_t
- setLinks()
: AMOS::IEdge_t
- setMembers()
: AMOS::Group_t
- setMemberType()
: AMOS::Group_t
- setMessageCode()
: AMOS::Message_t
- setMode()
: AMOS::Bank_t
- setNodes()
: AMOS::Link_t
- setNodeType()
: AMOS::Link_t
- setQualityClearRange()
: AMOS::Read_t
- setRange()
: AMOS::Feature_t, AMOS::Range_t
- setReads()
: AMOS::Overlap_t, AMOS::Kmer_t, AMOS::Fragment_t
- setReadTiling()
: AMOS::Contig_t
- setScaffoldLinks()
: AMOS::ScaffoldEdge_t
- setScaffolds()
: AMOS::ScaffoldLink_t
- setScore()
: AMOS::Overlap_t
- setSD()
: AMOS::Link_t
- setSeqString()
: AMOS::Kmer_t
- setSequence()
: AMOS::Sequence_t
- setSize()
: AMOS::Link_t, AMOS::Fragment_t
- setSource()
: AMOS::Link_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t
- setStatus()
: AMOS::Universal_t, AMOS::BankStream_t, AMOS::Bank_t
- setSubMessages()
: AMOS::Message_t
- setTiling()
: AMOS::Layout_t
- setType()
: AMOS::Read_t, AMOS::Link_t, AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t
- setVectorClearRange()
: AMOS::Read_t
- skip()
: AMOS::Message_t
- swap()
: AMOS::Range_t
- syncIFO()
: AMOS::Bank_t
- what()
: AMOS::Exception_t
- write()
: AMOS::Message_t, AMOS::IDMap_t
- writeMessage()
: AMOS::Universal_t, AMOS::Sequence_t, AMOS::ScaffoldLink_t, AMOS::ScaffoldEdge_t, AMOS::Scaffold_t, AMOS::Read_t, AMOS::Overlap_t, AMOS::IMessagable_t, AMOS::Link_t, AMOS::Library_t, AMOS::Layout_t, AMOS::Kmer_t, AMOS::Index_t, AMOS::IDMap_t, AMOS::Group_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t, AMOS::Edge_t, AMOS::IEdge_t, AMOS::Tile_t, AMOS::Distribution_t, AMOS::ContigLink_t, AMOS::ContigEdge_t, AMOS::Contig_t
- writeRecord()
: AMOS::Universal_t, AMOS::Sequence_t, AMOS::ScaffoldLink_t, AMOS::ScaffoldEdge_t, AMOS::Scaffold_t, AMOS::Read_t, AMOS::Overlap_t, AMOS::Link_t, AMOS::Library_t, AMOS::Layout_t, AMOS::Kmer_t, AMOS::Index_t, AMOS::Group_t, AMOS::Fragment_t, AMOS::Feature_t, AMOS::Edge_t, AMOS::IEdge_t, AMOS::Tile_t, AMOS::Distribution_t, AMOS::ContigLink_t, AMOS::ContigEdge_t, AMOS::Contig_t, AMOS::IBankable_t
- writeUMD()
: AMOS::Contig_t
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1.3.8